Även om det är möjligt att konstruera en rå flödescytometer med hjälp av billiga material såsom en mobiltelefon och en laserpekare, skulle noggrannheten och precisionen hos en sådan anordning vara mycket begränsad jämfört med en kommersiell flödescytometer. Kommersiella flödescytometrar är komplexa instrument som innehåller avancerad optik, elektronik och programvara för att noggrant mäta och analysera de fysiska och kemiska egenskaperna hos celler. De är kalibrerade och validerade för att ge tillförlitliga och reproducerbara resultat.

Att bygga en gör-det-själv-flödescytometer från grunden kräver specialkunskaper inom optik, elektronik och fluidik, och det är osannolikt att uppnå samma prestandanivå som ett kommersiellt instrument. För korrekta och tillförlitliga flödescytometrimätningar rekommenderas i allmänhet att använda en kommersiell flödescytometer eller arbeta med ett laboratorium som har tillgång till en sådan.