Ett akvatiskt ekosystem är en vattenbaserad miljö där växter och djur interagerar med miljöens kemiska och fysiska egenskaper. Akvatiska ekosystem är vanligtvis uppdelade i två typer - det marina ekosystemet och sötvattensekosystemet. Marinekosystemen täcker över 70 procent av jordens yta. Hav, flodmynningar, korallrev och kustekosystem är de olika typerna av marina ekosystem. Färskvattenekosystem täcker mindre än 1 procent av jorden och är indelade i lotus-, lentiska och våtmarker.

Oceaner

Jorden har fem stora oceaner: Stilla havet, Indiska oceanen, Arktiska havet, Atlanten Ocean och södra (Antarktis) Ocean. Även om oceanerna är anslutna, har de alla unika arter och egenskaper. Enligt Barbara A. Somerville (Earth's Biomes: Ocean, Seas and Reefs) är Stilla havet det största och djupaste havet och Atlanten är andra i storlek.

Oceanerna är hemma för olika arter av liv. Vattnen i Arktis och södra oceanerna är mycket kalla men ändå fyllda med livet. Den största populationen av krill (små, räkorliknande marina varelser) ligger under isen i södra oceanen.

Estuaries

Estuaries är platser där floderna möter havet och kan definieras som områden där saltvatten utspätts med färskt vatten. Flodmynningar, kustområden, tidvattenmassor och vattenkroppar bakom barriärstränderna är några exempel på flodmynningar. De är biologiskt produktiva eftersom de har en speciell typ av vattencirkulation som fäller växtnäringsämnen och stimulerar primärproduktionen.

Korallrev

Enligt miljöskyddsbyrån är korallrev världens näst rikaste ekosystem och har en stor mångfald av växter och djur. Som ett resultat kallas korallrev ofta som havets regnskog.

Kustvatten

Land och vatten går samman för att skapa kustnära ekosystem. Dessa ekosystem har en distinkt struktur, mångfald och flöde av energi. Växter och alger finns längst ner i kustnära ekosystemet. Faunaen är olik och består av insekter, sniglar, fisk, krabbor, räkor, hummer etc.

Lotic

Lotiska ekosystem är system med snabbt flytande vatten som rör sig i ettriktat sätt som floder och strömmar. Dessa miljöer hamnar många arter av insekter som majflottor, stenflugor och skalbaggar som har utvecklat anpassade funktioner som viktiga fall för att överleva miljön. Flera arter av fiskar som ål, öring och minnow finns här. Olika däggdjur som bever, oter och flod delfiner bevarar lotiska ekosystem.

Lentic

Lentiska ekosystem inkluderar alla stående vattenhabitater som sjöar och dammar. Dessa ekosystem är hemma för alger, rotade och flytande blad och ryggradslösa djur som krabbor och räkor. Amfibier som grodor och salamandrar och reptiler som alligatorer och vatten ormar finns också här.
Våtmarker Våtmarker är myriga områden och är ibland täckta av vatten som har en mångfald av växter och djur . Svampar, myrar och mosar är några exempel i detta avseende. Växter som svart gran och vattenliljor finns vanligen i våtmarker. Fauna består av sländor och damselflies, fåglar som Green Heron och fiskar som Northern Pike.