(Phys.org) —U.K. baserade Oxford Nanopore Technologies har infriat ett löfte som gavs för två år sedan att producera en billig genomsekvenserare som är baserad på nanoporeteknologi. David Jaffe, med Broad Institute rapporterade till en publik vid Advances in Genome Biology and Technology-mötet i Florida förra veckan att han har blivit ombedd av Oxford Nanopore att prova den nya enheten, kallas MinION, och har tyckt att det är lovande.

Oxford Nanopore Technologies skapade uppståndelse i den biologiska vetenskapsvärlden 2012 när representanter för företaget meddelade att dess forskargrupp framgångsrikt hade skapat en sekvenseringsenhet baserad på nanopore-teknologi och att en billig prototyp skulle levereras till forskare utanför företaget snart därefter. Företaget hade tydligen problem med att öka sin porteknologi och var tvungna att hitta några alternativa material - alltså två års försening.

Nanopore-sekvensering är där enstaka DNA-strängar dras genom en por – när varje baspar passerar genom poren mäts dess ledningsförmåga – information som kan användas för identifiering av en dator. Fördelen med detta tillvägagångssätt är att åtminstone i princip, vilken stränglängd som helst kan sekvenseras.

MinION är inte till salu ännu - för närvarande gör företaget prototyper tillgängliga för ett fåtal utvalda kändisar inom genomsekvenseringsområdet - var och en måste ponnya upp $1000 som en handpenning för äran. Enheten ansluts till en port på en dator, som gör bearbetningen. Tillsammans med enheten, som har jämförts med storleken på ett tuggummipaket, Oxford Nanopore Technologies kommer att skicka DNA-prover som forskare kan använda för att lära sig hur man använder den nya enheten – efter det, de kan sekvensera vad de vill. Vid testning av strängar av två typer av bakteriellt DNA som skickades till honom, Jaffe rapporterar med blandade resultat — långa datasträckor erhölls korrekt i vissa fall, men i andra fanns det några fel. För att samla ihop hela genomet av en typ av bakterier, till exempel, han var också tvungen att använda en sekvenseringsenhet tillverkad av ett annat företag. Han noterade att han är optimistisk om enheten, dock, som representanter från Oxford Nanopore har försäkrat honom att felfrekvensen kan minskas med hjälp av vissa tekniker även när förbättringar av enheten utarbetas på labbet.

Om felfrekvensen med MinION kan reduceras till en praktisk nivå, enheten skulle kunna markera en vändpunkt i gemone sekvensering eftersom det skulle vara en enhet som kan bäras och användas för fältarbete. Och även om kostnaden för en sådan enhet inte har meddelats, Oxford Nanopore har upprepade gånger använt termer som billigt och prisvärt för att beskriva det, indikerar att det kommer att kosta mycket mindre än andra sekvenseringsenheter som för närvarande finns på markören, när den är klar för försäljning.

© 2014 Phys.org