Bindningen som hydrolyseras av alfaamylas är en alfa-1,4-glykosidbindning, som är en typ av kovalent bindning som länkar det första kolet (C1) i en sockermolekyl till det fjärde kolet (C4) i nästa sockermolekyl. Denna specifika typ av bindning finns i polysackariderna stärkelse och glykogen, som är uppbyggda av långa kedjor av glukosmolekyler sammanlänkade med alfa-1,4-glykosidbindningar.