Substrat kan ha ett betydande inflytande på den elektroniska interaktionen mellan molekyler som adsorberas på deras ytor. Detta beror på att substratet kan tillhandahålla en källa för elektroner eller hål som kan interagera med adsorbatets elektroner, eller så kan det modifiera adsorbatets elektroniska struktur genom att ändra energinivåerna i dess orbitaler.

I allmänhet kommer typen av substrat och styrkan hos interaktionen mellan substratet och adsorbatet att bestämma naturen av de elektroniska interaktionerna. Till exempel, om substratet är en metall, kan adsorbatets elektroner lätt överföras till metallen, vilket resulterar i en stark elektronisk interaktion. Detta kan leda till bildandet av ett laddningsöverföringskomplex eller till och med en kemisk bindning mellan adsorbatet och substratet.

Å andra sidan, om substratet är en halvledare, kommer den elektroniska interaktionen mellan adsorbatet och substratet att vara svagare. Detta beror på att bandgapet hos en halvledare är större än hos en metall, så det är svårare för elektroner att överföra mellan adsorbatet och substratet. Den elektroniska interaktionen mellan adsorbatet och substratet kan dock fortfarande vara betydande, och det kan leda till förändringar i adsorbatets elektroniska struktur.

Styrkan hos den elektroniska interaktionen mellan adsorbatet och substratet kan också påverkas av substratets ytjämnhet. En grov yta kommer att ge fler platser för adsorbatet att interagera med, vilket resulterar i en starkare elektronisk interaktion. Detta beror på att ytans grovhet ökar antalet ytatomer som är tillgängliga för att interagera med adsorbatets elektroner.

Sammanfattningsvis kan substratet ha en betydande inverkan på den elektroniska interaktionen av molekyler som adsorberas på dess yta. Typen av substrat, styrkan hos interaktionen mellan substratet och adsorbatet, och substratets ytjämnhet kommer alla att avgöra naturen hos de elektroniska interaktionerna.