En av huvudorsakerna till att fysisk definition inte längre är tillräcklig är begreppet kryptiska arter. Kryptiska arter är arter som ser väldigt lika eller identiska ut med varandra baserat på deras fysiska egenskaper men som har betydande genetiska skillnader. Dessa skillnader kan bli uppenbara när genetisk analys utförs, och avslöjar att det som tidigare ansågs vara en enda art faktiskt är ett komplex av flera olika arter.
En annan anledning är hybridisering och introgression. Hybridisering sker när individer från olika arter parar sig och får avkomma. Introgression är den process genom vilken gener från en art överförs till en annan genom hybridisering och upprepad backkorsning. Dessa processer kan sudda ut gränserna mellan arter och göra det svårt att definiera arter baserat enbart på fysiska egenskaper.
Dessutom har förståelsen av arter som reproduktivt isolerade enheter utvecklats. Medan fysiska definitioner ofta förlitar sig på reproduktiv isolering som ett kriterium, kan genetiska data ge en mer exakt förståelse av reproduktionsbarriärer och genflöde mellan populationer, vilket leder till en bättre bedömning av artgränser.
Dessutom utmanar begreppet arter som dynamiska enheter som genomgår evolutionära förändringar över tid idén om fasta fysiska definitioner. Genetisk analys kan avslöja mönster av genetisk divergens och artbildning, vilket ger insikter i de evolutionära förhållandena mellan arter och deras historiska processer.
Sammanfattningsvis är fysisk definition av arter inte längre tillräcklig på grund av upptäckten av kryptiska arter, hybridisering och introgression, arternas dynamiska natur och tillgången på genetiska data som ger en mer omfattande förståelse av artgränser och evolutionära relationer.
