Gelelektrofores är en vanligt förekommande laboratorieteknik med många praktiska tillämpningar inklusive DNA-fingeravtryck och genomsekvensering. Processen innebär att separera DNA-fragment med hjälp av en elektrisk ström under spårning av hastigheten för molekylrörelse genom en filtreringsgel.

Att lägga till blått eller orange spårningsfärg till färglösa DNA-prover gör att du kan se ditt prov och få information om hur DNA molekyler rör sig under elektrofores. Identifiering är baserad på storleken på DNA-band på gelén efter migrering av molekyler.
Hur gelelektrofores fungerar

Gelelektrofores drar DNA-fragment genom en gel med en elektrisk ström för att isolera och identifiera DNA-molekyler efter storlek och elektrisk laddning. Gelén tillverkas ofta med agarospulver
- en polysackarid extraherad från tång.

Agaros sätts till en buffertlösning av vatten och salt, och blandningen upphettas och kyls för att göra en porös gel som kommer att fungera som en filtermatris under elektroforesförfarandet. Gelén placeras sedan i en elektroforesenhet och täcks med buffertlösning som leder elektricitet.

Lösningar innehållande DNA och laddningsfärger pipetteras till små brunnar i gelén som måste göras under gelberedning. Färgämnen
hjälper dig att se tydligt provet som du lägger till gelbrunnarna som ligger nära den negativa elektroden i elektroforesenheten.

A positiv elektrod är belägen i motsatt ände. En känd standard av DNA-fragment placeras i den första brunnen som skapar en stege av DNA-band för jämförelse- och identifieringsändamål.

Fosfatskelettet i DNA-molekyler ger DNA en negativ laddning. Motsättningar lockar så följaktligen lockas DNA-molekyler till den positiva elektroden och börjar röra sig, eller "migrera" när en elektrisk ström slås på.

DNA-fragment med mindre storlek reser snabbare än större fragment eftersom de stöter på mindre motstånd när de vandrar genom gelens porösa matris. DNA-fragment av liknande storlek bildar DNA-band i gelén. Laddar färgämne Syfte och betydelse

DNA är färglöst, så att lägga till spårningsfärgämnen till ett prov hjälper dig att bestämma förflyttningshastighet av proteinmolekyler av olika storlek i gelén under elektrofores. Exempel på lastning av färgämnen som rör sig med DNA-provet inkluderar bromofenolblått och xylencyanol.

Det valda färgämnet ska inte vara reaktivt eller förändra DNA. Bromofenolblått är ett färgämne som används för att spåra mindre storlek DNA-strängar som innehåller cirka 400 baspar, medan xylencyanol är bättre för större DNA-strängar med upp till 8000 baspar. Det valda färgämnet bör inte vara reaktivt eller förändra DNA.
Roll av glycerol i Agarosgelelektrofores

När du bereder ditt DNA-prov för elektrofores måste du lägga till glycerol och vatten tillsammans med laddningsfärgämnen. Glycerol är ett tungt, sirapigt ämne som ger DNA-provet mer densitet innan det sätts in i brunnarna i ena änden av gelarket.

Utan glycerol skulle DNA-provet spridas istället för att sjunka och bilda en skikt i brunnen som det är tänkt att göra för att bilda en stege av DNA. , som är mindre och mer komplexa än linjära DNA-molekyler. Polyakrylamid (SDS PAGE gel) används i stället för agarosgel för elektrofores.

Bromofenolblått (BPB) läggs till provbufferten som ett spårningsfärg och som rör sig i samma riktning för att separera proteiner och avgränsar deras framkant.
Roll av DNA-bindande färg

DNA-bindande färgämne såsom orange färgad etidiumbromid kan sättas till gel eller till elektroforesbufferten. Som namnet antyder fäster färgämnet fast vid DNA-molekylen.

Stor försiktighet måste vidtas vid hantering av detta mutagena färgämne eftersom det kan binda till DNA i hudceller. Till skillnad från spårningsfärgämnen fluorescerar etidiumbromid ljust under UV-ljus, vilket gör DNA-banden synliga.