Analysen av DNA innefattar olika typer av molekylära experiment och biologiska förfaranden. DNA är ett bräckligt och komplicerat råmaterial, så hantering och analys av den kräver bästa kvalitet och renaste beredning av kemikalier. Beroende på analysen är hundratals kemikalier, från sura och basala lösningar till buffertar och färgämnen involverade i studien av DNA. Att förstå varför vissa kemikalier används är nyckeln till framgångsrika experiment och att få exakta, tillförlitliga och reproducerbara resultat.
Etylendiamintetraacetat för DNA-rening
Tre typer DNA renas för vetenskapligt arbete: DNA från genom (genomiskt DNA), hela DNA från cellen (totalt DNA) eller från plasmider, som kan själv-multiplicera. Total cell-DNA-rening använder kemikalier som medger destruktion av en cells många membran under celllys. Det kemiska etylendiamintetraacetatet (EDTA) används ofta för att ta bort magnesiumjoner, som krävs för att bibehålla cellväggarnas styvhet, vilket gör att de försvagas till den punkt som de kollapsar eller sönder, vilket frigör cellens innehåll och DNA för analys. Dessutom skyddar och skyddar EDTA integriteten hos DNA genom att hämma enzymer som normalt finns i cellen, vilket kan fragmentera DNA: n och göra det oanvändbart.
Magneisumklorid för DNA-förstärkning
polymeras kedjereaktion (PCR) är en sofistikerad analysmetod som används för att amplifiera flera tusen kopior av en DNA-molekyl, men den är fylld av tekniska problem och felaktigheter. Många forskare utför därför rutinmässigt flera olika uppsättningar av PCR för att hitta det optimala tillståndet och parametrarna för en viss gen av intresse. En kemikalie som används för att utföra en sådan optimering är magnesium, som stabiliserar DNA-polymerasenzymet som används i PCR och fungerar som en nödvändig medfaktor för enzymets aktivitet. För PCR används magnesium i form av en magnesiumkloridbuffert.
Etidiumbromid för DNA-färgning
Etidiumbromid är ett färgämne som binder till DNA genom att glida in mellan de nukleotider som utgör en DNA-dubbelhelikix i en process som kallas interkalering. Detta färgämne kan sedan upplystas med en ultraviolett lampa, så att det DNA, till vilket etidiumbromiden har bundits, kan visualiseras. Däremot krävs minst 1 nanogram DNA för att etidiumbromid ska kunna ses ordentligt, därför är det ett sätt att detektera PCR-amplifierat DNA. Även om det är billigt och ofta används, är det också en mutagen kemikalie som är känd för att orsaka cancer, så dess användning i laboratorier är högt reglerad och många forskare flyttar till att använda mindre giftiga alternativ.
