I gelelektrofores separeras prover av DNA eller proteiner - vanligtvis baserat på storlek - genom att applicera ett elektriskt fält som får dem att migrera genom en gel. Användningen av gelelektrofores är rutinmässig i biomedicinska forskningslabs och används för att svara på en mängd olika frågor, så det finns egentligen inte ett universellt sätt att analysera resultaten. Olika tekniker som Western blotting, Northern Blotting och Southern Blotting, till exempel, involverar alla gelelektrofores. Om du gör agarosgelgelelektrofores av DNA-prover, den vanligaste typen av procedur, behöver du vanligtvis göra minst två saker: 1) skilja okända plasmider från insatser, nicked plasmider och klippa plasmider och 2) uppskatta storleken av de olika DNA-fragmenten. Så här fungerar det.

Kontrollera din lab anteckningsbok för att bestämma vilka prover som laddades i vilka banor. När du laddade brunnarna för din gel, borde du ha noterat identiteten på varje bana /prov.

Bestäm vilken bana som innehåller "stegen" för DNA-standarder. Dessa är fragment av känd längd; deras migrationsavstånd kan användas för att bestämma storleken på provfragmenten.

Använd en linjal, mät avståndet på din bild från brunnarna till spårfärgen som kommer att reste längre än någon av DNA-banden (med andra ord kommer det att vara längst ned i gelén). Spela in det här numret - de enheter du använder är inte viktiga.

Mäta avståndet på din bild från brunnarna till var och en av banden i "stegen", dividera sedan det avståndet med det avstånd som reste av spårning färgband. Denna beräkning ger dig den relativa rörligheten för varje band.

Exempel: Antag att spårningsfärgbandet reste 6 tum och vi har tre band som reste 5, 4,5 och 3,5 tum. Vad är deras relativa rörlighet? Svar: Vi dela 5, 4,5 och 3,5 med 6 för att få relativa mobiliteter på 0.833, 0.75 och 0.5833.

Ange de relativa mobiliteterna i ditt kalkylprogram (Excel eller något annat liknande program som du använder) tillsammans med storlek i kilobaser av varje fragment i stegen. (Tillverkaren ger dig storleken på varje fragment i de stegor de tillhandahåller, så du borde redan ha denna information.)

Gradera data med relativ rörlighet på x och storlek i kilobaser på y.

Använd Trendline-funktionen i ditt kalkylarksprogram för att passa en ekvation till data. Denna ekvation bör vara en makt ekvation (t ex x ^ -2) och borde passa data relativt bra (R-koefficient på minst 0,9).

Titta på banden som motsvarar dina prov. Kom ihåg att mindre DNA-fragment reser längre genom gelén än stora DNA-fragment, så de som ligger närmast spårningsfärgen kommer att vara minsta. Observera dock att om plasmid (cirkulärt) DNA är oklippat blir det "supercoiled" eller vridet som en telefonledning, vilket faktiskt kommer att leda till att den färdas mer än linjär DNA av samma storlek. På samma sätt kommer en "nicked" -plasmid som har blivit ofullständigt skuren att röra ett SHORTER-avstånd än linjärt DNA av samma storlek. Följaktligen kan du inte uppskatta storleken på oklippta plasmider från din gel.

Matcha banden i varje bana med identiteten på det prov du laddat i den bana och avgöra om vad du ser är vad du skulle ha förväntat dig . Detta beror på vilken typ av experiment du har. I allmänhet, om du digererade en insättplasmid med två restriktionsenzymer, skulle du dock förvänta dig att insatsen skulle befrias från plasmiden; Eftersom det är mycket mindre än plasmiden, skulle du förvänta dig att se två band i den lane, en nära toppen och den andra nere nära botten. En plasmidsänkning med endast ett restriktionsenzym borde bara bilda ett enda band som färdas lite längre än plasmidskuren med två restriktionsenzymer, men ingenstans nära så långt som insatsen.

Mäta avståndet från brunnarna till klippa plasmiden och sätt in band med din linjal. Dela dessa siffror med det avstånd som spåras av spårfärgen för att hitta relativ rörlighet för insatser och klippa plasmider.

Koppla in relativ rörlighet för insatser och klippa plasmider i ekvationen ditt kalkylprogram beräknat för dig. Denna beräkning bör ge dig en uppskattning av storleken på dessa plasmider.

Tips

Om du ser ljusa, breda band i botten av varje enskild lane har du förmodligen lite RNA i din gel - Ditt reningsprotokoll kan vara felaktigt.