Mikroskopet används inom en mängd vetenskapliga områden för många olika ändamål. Oavsett om det rör sig om kriminalteknik eller traditionell medicinsk vetenskap, är mikroskopet ett oundgängligt instrument.
Vävnadsanalys

Det är vanligt att histologer studerar celler och vävnader med mikroskopet. Om till exempel en vävnadssektion tas för analys kan histologer använda ett mikroskop i kombination med andra verktyg för att bestämma om provet är cancerformat.
Undersökning av rättsmedicinsk bevis |

Bevis som samlats in på en brottsplats kan innehålla information som inte är synlig för det blotta ögat. Till exempel kan striationer i kulor undersökas under ett mikroskop för att se om de matchar kulor som skjutits från en viss pistol.
Bestämma hälsan hos ett ekosystem.

Det är vanligt att fältbiologer övervakar hälsan hos ett visst ekosystem, till exempel en ström, genom att använda mikroskop för att identifiera antalet och mångfalden av organismer i en viss region över tid.
Studera proteinets roll i en cell.

Forskare finner mikroskop en ovärderligt verktyg när de studerar funktionen hos proteiner i celler. Med dagens teknik kan många proteiner märkas med en etikett och studeras i levande celler.
Studera atomstrukturer

Kraftfulla mikroskop såsom atomkraftmikroskop har hjälpt forskare att studera ytorna hos enskilda atomer.