Mikrobiologi omfattar studien av:
* Bakterier: encelliga prokaryoter
* archaea: En annan typ av encellig prokaryot
* svamp: Eukaryota organismer, inklusive mögel, jäst och svamp
* Protozoa: encelliga eukaryota organismer
* virus: icke-levande enheter som kräver en värd för att replikera
* alger: fotosyntetiska eukaryota organismer
Mikrobiologer studerar egenskaper, tillväxt, metabolism, genetik och interaktioner mellan dessa organismer. De utforskar också de roller de spelar i miljön, människors hälsa och industri.