* Fokus på cellstruktur: Femrikessystemet bygger främst på synliga egenskaper som cellstruktur (t.ex. närvaro av en kärna) och näringssätt. Det här systemet fångar inte den stora mångfalden och utvecklingen av mikroorganismer tillräckligt.
* Framsteg inom fylogeni: Med framsteg inom molekylära tekniker som DNA-sekvensering, har vi upptäckt att många mikroorganismer grupperade tillsammans baserat på yttre egenskaper faktiskt är ganska avlägset släkt.
* The Rise of Domains: Tredomänsystemet (bakterier, Archaea, Eukarya) är nu allmänt accepterat som en mer exakt återspegling av evolutionära relationer.
Så här förhåller sig de fem kungadömena till modern mikrobiologi:
* Monera (bakterier och arkéer): Detta rike är det mest relevanta för mikrobiologi. Det inkluderar de allra flesta mikroorganismer som studerats inom området. Men modern klassificering separerar bakterier och archaea i distinkta domäner.
* Protista: Detta rike omfattar en mångfaldig grupp av mestadels encelliga eukaryota organismer, inklusive alger, protozoer och slemmögel. Vissa protister studeras inom mikrobiologi, särskilt de som orsakar sjukdomar eller har ekologisk betydelse.
* Svampar: Svampar är eukaryota organismer som spelar en avgörande roll i nedbrytning och näringskretslopp. Medan vissa svampar är makroskopiska, är många mikroskopiska, vilket gör dem relevanta för mikrobiologi.
* Plantae and Animalia: Dessa riken inkluderar i första hand flercelliga organismer och är mindre direkt relevanta för studiet av mikroorganismer. Emellertid studerar mikrobiologer interaktioner mellan mikroorganismer och växter och djur (t.ex. symbios, sjukdom).
I huvudsak:
* Mikrobiologi fokuserar främst på bakterier , Arkaea , och vissa grupper av Protista och svampar .
* fem rikets system är föråldrad och återspeglar inte exakt förhållandet mellan mikroorganismer.
* systemet med tre domäner ger en mer korrekt bild av livets evolutionära historia på jorden.
