Patienter vill se sin medicinska information. Forskare vill dela med sig av sin data.

Nu, forskare vid Scripps Research har släppt en ny teknik utformad för att göra dessa mätningar lättare att utföra och mer tillgängliga för utövare, forskare och allmänheten.

"Det här handlar egentligen om datadelning och att påskynda upptäcktsprocessen, " säger Gary Siuzdak, Ph.D., professor vid Scripps Research och medförfattare till den nya XCMS/METLIN öppna dataanalysplattformen, publicerades nyligen i Naturmetoder .

XCMS-MRM och METLIN-MRM representerar en molnbaserad analysplattform som gör det möjligt för forskare att kvantifiera molekyler från biologiska prover och göra deras resultat offentligt tillgängliga.

"När vi säger 'allmänt tillgänglig, 'vi menar det. Alla som har en dator skulle ha tillgång, säger Siuzdak.

Regisserad av Siuzdak, Center for Metabolomics and Mass Spectrometry vid Scripps Research specialiserar sig på att använda en teknik som kallas masspektrometri för att identifiera och kvantifiera små molekyler, oavsett om de är läkemedel eller naturligt förekommande metaboliter. Metaboliter är avgörande eftersom de interagerar med varje nivå av en persons fysiologi:genomet, transkriptom och proteom. Man kan säga att metaboliter är mästare manipulatorer av fysiologi och återspeglar en individs hälsosignatur.

Tiotusentals labb runt om i världen genererar data med hjälp av masspektrometri, så plattformen kan vara användbar även utanför medicinen, säger studieförfattarna Xavier Domingo-Almenara, Ph.D., och J. Rafael Montenegro-Burke, Ph.D., av Scripps Research. Alla fält som använder masspektrometri skulle kunna dra nytta av dessa nya resurser, som miljövetenskap, läkemedel, kriminalteknik, livsmedelskontroll och idrottsmedicin, lägger de till.

Siuzdak och hans kollegor har länge strävat efter att hålla sina forskningsverktyg fria och öppna för allmänheten. Paul Benton, Ph.D., bioinformatikanalytiker vid Scripps Research och medförfattare till studien, förklarar att värd för sin plattform i molnet tillåter vem som helst, från medarbetare till patienter, för att kontrollera giltigheten av masspektrometriresultaten. "I en tid där vetenskapliga resultat ständigt ifrågasätts, öppna data har blivit en viktig del av upptäcktsprocessen, säger Benton.

Tanken på öppen datadelning har slagit fast de senaste åren. Sedan lanseringen 2004, XCMS/METLIN-plattformen har vuxit till över 25, 000 användare, och molekylerna i dess dataförråd har hoppat från 14, 000 till 150, 000 bara det senaste året, delvis tack vare ett samarbete med Calibr, en avdelning av Scripps Research.

De nya resurserna drar fördel av genombrott som låter forskare påskynda forskningen – och öka precisionen – genom att identifiera nyckelfragmenten av en molekyl som skiljer den åt.

"Det finns inget annat ens i närheten av detta, " säger Siuzdak.

Studien, "XCMS-MRM och METLIN-MRM:ett molnbibliotek och offentlig resurs för målinriktad analys av små molekyler, " inkluderade ytterligare författare från University of Lausanne; Lausanne University Hospital, Genèves universitetssjukhus; Umeå universitet och Imperial College London.