Tris, eller tris (hydroximetyl) aminometan, är en vanlig biologisk buffert som användes genom DNA-extraktionsprocessen. Under extraktion från ett antal källor är DNA pH-känsligt. Under cellljus används avlägsnande av oönskade cellulära komponenter och utfällning, tris för att upprätthålla ett stabilt pH. Dessutom spelar den en särskilt viktig roll i celllys.
TL; DR (för länge, läste inte)
DNA-extraktion är en pH-känslig process och med användning av en trisbuffert hjälper till att hålla pH stabilt över cellljus och extraktion.
Tris som buffert
Eftersom pH kan påverka och påverkas av ett antal cellulära faktorer är det viktigt att man upprätthåller ett stabilt pH för experimentell vetenskap . Biologiska buffertar, som tris, är viktiga eftersom de kan bibehålla ett stabilt pH trots influenser som annars skulle kunna ändra pH. Tris (hydroximetyl) aminometan med en pKa på 8,1 är en effektiv buffert mellan pH 7 och 9. På grund av sitt neutrala område är tris en vanligt använd buffert i biologiska laboratorier. Tris-bufferten är emellertid temperaturkänslig och bör användas vid den temperatur vid vilken den ursprungligen pH-värdes för att undvika felaktigheter.
Lysis of Cells
Lysis eller bryta upp cellerna är den första steg av DNA-extraktion. Detta åstadkommes med en buffert innehållande tris och EDTA (etylendiamintetraättiksyra). EDTA binder divalenta katjoner såsom kalcium och magnesium. Eftersom dessa joner bidrar till att upprätthålla cellmembranets integritet destabiliserar membranet eliminering av dem med EDTA. Tris är den viktigaste buffringskomponenten; dess huvudroll är att bibehålla buffertens pH vid en stabil punkt, vanligtvis 8,0. Dessutom tris sannolikt interaktion med LPS (lipopolysackarid) i membranet, vilket tjänar till att destabilisera membranet ytterligare.
Tris skyddar DNA från pH-förändringar
När cellerna är sönderdelade, sätter deras DNA och innehållet spolas i bufferten. Dessutom införs ofta RNas A (förstör RNA), proteaser (förstör proteiner) och SDS (natriumdodecylsulfat, solubiliserar membranfragmenten). Tillsammans kan denna soppa av cellulärt innehåll och fragmenterat RNA och proteiner ha stor inverkan på lösningens pH. Eftersom DNA är pH-känsligt är det viktigt för tris att buffra soppen och upprätthålla pH-värdet vid en stadig punkt.
DNA-nederbörd
I DNA-utvinningens sista skede är själva DNA-värdet extraherades från lösningen. Vid denna tidpunkt är DNA: t lösligt i bufferten. För att extrahera från lösningen görs DNA-olösligt genom tillsats av etanol eller isopropanol (isopropylalkohol). När detta är klart blir DNAet uppenbart i lösning som en vit substans. Fastän DNA kan isoleras från de återstående cellulära komponenterna på detta sätt är det inte "användbart" när det är olösligt. Efter isolering avlägsnas alkoholen och DNA måste returneras till en biologisk buffert, som tris, som ska användas.
Gör det själv
Även om extraktion av DNA ofta görs i forskningslabs generellt använda ett av ett antal kommersiellt tillgängliga kit, vem som helst kan göra DNA-extraktion hemma med vanliga hushållsartiklar och gröna ärter eller spenat. I detta fall är tris eller någon biologisk buffert inte närvarande för att skydda DNA från pH-skift. Det är dock ett visuellt sätt att hjälpa studenter att ansluta till cellulärt DNA.
