Men kritiker hävdar att koldioxidkrediter kan vara ineffektiva och till och med ha negativa konsekvenser. De påpekar att koldioxidkrediter kan leda till "kompensation", där förorenare helt enkelt kan köpa krediter för att kompensera för sina utsläpp snarare än att vidta åtgärder för att minska dem. Detta kan leda till en brist på totala utsläppsminskningar och kan göra det möjligt för förorenare att fortsätta släppa ut växthusgaser.
Dessutom hävdar kritiker att koldioxidkrediter kan skapa en falsk känsla av framsteg när det gäller klimatförändringar. De hävdar att genom att fokusera på koldioxidkrediter kan regeringar och företag undvika att göra svårare och kostsammare förändringar av sin policy och praxis som är nödvändiga för att minska utsläppen. Detta kan leda till att åtgärder mot klimatförändringarna försenas, vilket kan få allvarliga konsekvenser.
Sammantaget är effektiviteten av koldioxidkrediter för att stabilisera klimatet komplex och beror på flera faktorer, inklusive den specifika utformningen av koldioxidkreditsystemet, nivån på efterlevnad och tillsyn och det övergripande engagemanget för utsläppsminskningar från alla intressenter.