I samband med DNA-extraktion spelar SDS en avgörande roll för att frigöra DNA från cellen och göra det tillgängligt för vidare bearbetning. Genom att bryta ner cellmembranet och kärnhöljet underlättar SDS frisättningen av DNA till extraktionsbufferten, där det sedan kan renas och analyseras.
SDS används vanligtvis i kombination med andra reagens såsom proteinas K eller RNase för att säkerställa fullständig lysis av celler och avlägsnande av cellulärt skräp. Användningen av SDS i DNA-extraktion är ett grundläggande steg i olika molekylärbiologiska tekniker och är avgörande för att erhålla högkvalitativt DNA för nedströmsapplikationer som PCR, DNA-sekvensering och genetisk analys.