I IO4-jonen är jodatomen omgiven av fyra syreatomer som bildar en tetraedrisk struktur. Bindningsvinkeln mellan jodatomen och varje syreatom är 109,5 grader. Denna vinkel överensstämmer med jonens tetraedriska geometri, som har fyra ekvivalenta bindningar från jodatomen till de fyra syreatomerna.