Aminosyror är byggstenarna för proteiner, och Little Alchemy 2 fokuserar på mer grundläggande element och kombinationer. Medan du kan skapa några relaterade objekt som:
* Liv: Du kan skapa liv från kombinationen av vatten och luft.
* protein: Du kan skapa protein genom att kombinera liv och jord.
Dessa är relaterade till aminosyror, men du kan inte direkt skapa aminosyrorna själva.