1. Värme: Huvuddelen av den energi som går förlorad under energiflödet i ekosystemet försvinner som värme. Detta sker i olika stadier av energiöverföringsprocessen. Till exempel, när solljus träffar växternas löv under fotosyntesen går en del av energin förlorad som värme. Värme frigörs också när djur använder energi för aktiviteter som rörelse, matsmältning och reproduktion.
2. Reflektion och absorption: En del av solljuset som når jordens yta reflekteras av atmosfären, moln, vattendrag och landytor. Denna reflekterade energi går förlorad till rymden och bidrar inte till den energi som finns tillgänglig i ekosystemet. Dessutom absorberas en del av solljuset av ämnen som vattenånga och koldioxid i atmosfären, vilket ytterligare minskar mängden energi som är tillgänglig för organismer.
3. Ineffektivitet av energiöverföring: Överföringen av energi mellan organismer i näringskedjan är ineffektiv. Endast en liten del av energin som lagras i en organism överförs till nästa nivå när den konsumeras. Till exempel, när en växtätare äter växter, är bara en del av växtens energiinnehåll assimilerad av växtätarens kropp. Resten går förlorat som avfall eller används för att utföra olika kroppsfunktioner.
4. Sönderdelning: När organismer dör bryts deras kroppar ner av mikroorganismer, bakterier och svampar. Vid nedbrytning frigörs en del av energin som lagras i de döda organismerna som värme och koldioxid. Denna process minskar ytterligare mängden tillgänglig energi i ekosystemet.
5. Export av organiskt material: I vissa fall kan organiskt material exporteras från ekosystemet, vilket leder till energiförlust. Till exempel, när löv och andra växtmaterial tvättas bort av vattendrag eller när djur migrerar till andra områden, förloras energin som lagras i dessa organismer till det lokala ekosystemet.
Sammantaget är förlusten av energi under energiflödet i ett ekosystem oundviklig på grund av olika faktorer som värmeavledning, ineffektivitet i energiöverföring, nedbrytning och export av organiskt material. Denna konstanta energiförlust innebär att endast en liten del av den ursprungliga energitillförseln från solljus i slutändan är tillgänglig för organismerna i ekosystemet.