Även om naturliga krafter kan förstöra eller drabbas av en djurpopulation, har människans aktiviteter i allt större utsträckning orsakat ett stort antal djur att bli hotade. Visserligen har vissa djur och växter, särskilt tamdjur som grödor, boskap och husdjur, gynnats och blivit blomstrade av de förändringar man gjort i världen. Vissa djurpopulationer har dock placerats under enormt tryck som resultat av dessa förändringar och i vissa fall faller populationerna till betydligt lägre nivåer. Små populationer eller organismer med begränsad fördelning är extremt känsliga för de faktorer som orsakar utrotning.

Förlust av livsmiljö

En av de viktigaste orsakerna till hotade djur är livsmiljöförlust. Medan livsmiljö kan gå förlorad på grund av naturliga krafter (klimatförändringar, geologiska förändringar) är mycket av den förlorade livsmiljön idag beroende av mänsklig aktivitet. Byggandet av dammar, motorvägar, kanaler, urbanisering och jordbruk påverkar i stort sett invånarna i inhemska ekosystem. Även när delar av ekosystemet förblir intakta och skapar "öar", kan den resulterande livsmiljön vara för liten eller för stor spridd för att stödja en art.

Invasiva arter

Många arter som kommer i ett nytt ekosystem är dåligt anpassade och snabbt dö av. Vissa arter kan dock utnyttja ekosystemet till nackdel för inhemska organismer. Små ekosystem som de på öar påverkas signifikant av införandet av invasiva arter, men även infödda kontinentala och oceaniska populationer kan förstöras genom konkurrens eller predation av invaderaren.

Överutnyttjande

Överfiske en viss Fiskearter är en uppenbar och direkt orsak till att ett djur blir hotade. Men andra organismer inom ekosystemet kan också skadas (eller gynnas) genom överutnyttjande av en viss art. Till exempel, oro för att havsötterna i Kalifornien var förödande för abalonebefolkningen ledde till oskälig dödande av havets otters. Minskningen av havets otters ledde till en explosion i populationen av havsborrar som betade på käppets hållfasthet. När kelpen släpptes fri från botten och tvättades i land, var organismer som berodde på kelpskogarna placerade under ökad belastning.

Sjukdom

Spridningen av tamdjur har också spridit de sjukdomar som är förknippade med dem till nya delar av världen. I vissa fall infekterade sjukdomen infödda inhemska populationer som hade lite motstånd mot invaderingspatogenen. Dessa sjukdomar kan nå epideminivåer i den inhemska befolkningen, vilket avgör deras antal.

Förorening

Föroreningar i många former har äventyrat många djur. Bekämpningsmedel och andra kemikalier som introduceras i ett ekosystem kan väsentligt skada oriktade arter. Till exempel var DDT som används för att bekämpa myggor i slutändan kopplat till minskningar i fåglarnas reproduktiva frekvenser. Andra former av förorening som värme-, ljus- och bullerföroreningar kan var och en minska överlevnadsgraden för lokala djurpopulationer.