Livet har blomstrat i Costa Rica regnskogar och marina miljöer (en av 20 av alla växt- och djurarter finns i Costa Rica), men det finns också över 100 arter där på Internationella unionen för naturskydd och Naturresurser hotade arter listan. Avskogning, omvandling av livsmiljöer och förorening är de skyldiga som bakom många arters dämpning.
Däggdjur
Costa Rica har en av de rikaste populationerna av fladdermöss i världen, bestående av hälften av däggdjurets befolkning. Batarter på listan sträcker sig från den stora rovspektralbatten till Honduras vita fladdermus, endast ca 37 till 47 mm i längd, även om båda är låga risker. Felines som den lilla prickade katten, Costa Rica-pung och Central American Jaguar har jagats från deras livsmiljöer, och cottontop tamarin, mantled Howler och Geoffroy's Spider Monkey Primates har minskat avsevärt. Andra hotade däggdjur inkluderar den gigantiska anteatern, Sambar hjort och Bairds tapir.
Fåglar
Costa Rica är hemma för 894 fågelarter, mer än i USA och Kanada kombinerat. Av dessa är över 600 permanenta invånare, inklusive den hotade, nakna paraplyfågeln, svart guan och blå-och-guld-tanager, men fåglar som den cerulean trollkarlen och den eleganta ternen är migrerande. Cocos Island Finch ligger på Cocos Island 360 miles utanför Costa Rica kust. Det är den enda av Darwins finkar som inte är fullständigt endemisk mot Galápagos. Andra hotade fåglar inkluderar välbekanta arter som örnen (svart ensamörn), macaw (stor grön macaw), kolibri (mangrove kolibri) och papegoja (röda kantrotrot).
Reptiler och amfibier
Den femkuliga spiny-tailed iguana och smalbroderad lera sköldpaddan är några av de reptiler som är hotade, men det finns många mer hotade amfibier, varav de flesta är grodor eller salamandrar som typiskt representeras av stor mångfald i regnskogsmiljöer . Lemur leaf frosken och Starrett's treefrog är listade som kritiskt hotade. Så är El Empalme ormsalamander och två arter av paddor: Pico Blanco padda och passera stubfoot padda. Monte Verde gyllene padda har inte setts sedan 1989 och anses vara utdöd.
Fisk
De flesta av Costa Rica fiskar på listan över hotade arter är antingen nära hotade eller utsatta. Dessa inkluderar olivgrönsak, Stilla havsön och kronhaj. Ett antal strålar finns också på listan, till exempel bullseye-strålen i Stilla havet och cownose-strålen i Atlanten.
Ryggradslösa djur
Det finns ett antal hotade skuggdammar, insekter som liknar dragonflies. Dessa inkluderar svart-backade, långsträckta, chiriquita, kakao och reventazon arter. Många av de andra hotade insekterna är knobtailed sländor som limonen, humped, catago, vulkan, alajuela och horned arter. Två arter av sötvattenskrabbor och flera marina koraller gjorde också IUCN-listan.
Växter
Det finns över 9 000 kända växter i Costa Rica. Utrotningshotade växter är medlemmar i legumesfamiljen som abarema och lancepod, vars sistnämnda härrör från dess lansliknande frukt. Det finns också 24 arter av blommande plantens eugeni, nio arter av den aromatiska växt quararibea och två arter av släktet virola, som är nära besläktat med muskotnöt och har gula blommor med en skarp lukt. Andra stora hotade släktingar inkluderar korallbäret, fläktpalmscryosoilen och det vintergröna eller torrsäsong lövträd cedrela. Costa Rica jatropha, manilkara träd och gavilán blanco träd är särskilt hotade arter av växt.
