Fåglar
Flera arter av tucaner, papegojor och andra tropiska Fåglar i södra och centralamerikanska regnskog hotas av utrotning på grund av loggning och andra orsaker till avskogning. Den harpa örnen, en av världens största kända örnarter, trivs i tropiska regnskogsländer från södra Mexiko till östra Bolivia. den här fågelns livsmiljö krymper ständigt på grund av tydliga avskogningspraxis samt förstörelse av boendestäder från industriella metoder som gruv- och oljeborrning. Habitatförlusten hotar också tusentals flyttande fågelarter. Dessa arter reser norr under den nordamerikanska sommaren och tillbaka till troperna på vintern; mer och mer återvänder varje år för att inte hitta några hem och /eller förstörda boendeställen.
Däggdjur
Ett stort antal däggdjursarter förlorar sina hem i regnskogen, från den minsta gnagaren till största rovdjur. Många större däggdjur behöver gott om utrymme för foder och /eller jakt. När industripraxis utvecklas på vissa områden måste regnskogsdäggdjur som gorillor, jaguarer och pumas begränsa sig till fragmenterade livsmiljöer med otillräckliga resurser. Avskogning påverkar de flesta köttdäggdjur mest (de som bor i träden), som flygande ekorre och fruktfladdermusen, liksom flera arter av apor. Hela samhällen är hemlösa och tvingar dem att anpassa sig till trädlösa miljöer för vilka de är oförberedda.
Reptiler och amfibier
Avskogning ger den största orsaken till livsmedelsförlust för de flesta regnskogsreptiler, medan många arter av amfibier förlorar också sina hem på grund av oljeborrning och gruvdrift som förorenar dammar, floder och strömmar, vilket tvingar dem att hitta nya vattenkällor för deras semiaquatic livsstil. Hotade och hotade reptil- och amfibierarter inkluderar den gyllene padden, Madagascar-dagens gecko och leguaner, liksom flera olika typer av giftdorska grodor, framförallt de i Colombia.
