Öknen innehåller en mängd svampar. Vissa kolonier av örtsvamptyper kan leva i miljoner år genom att förlänga utvecklingsprocessen. Andra skapar symbiotiska förhållanden med andra organismer för att säkerställa överlevnad. Ökensvampar kan ligga vilande i ökenjord tills de störs och attackerar sedan med giftiga sporer som orsakar allvarlig sjukdom. Vissa typer av ökensvampar kan måla ökendukar med dopplar i ljusa färger.
Lav

Lavar, kända som "pionjärväxter", är små organismer som kan uthärda grova, varma och kalla miljöer och torka. En lavkropp, eller thallus, består av alger och svampar som växer tillsammans i ett symbiotiskt förhållande. Algercellerna ger svampen näringsämnen och svampen skyddar algerna från atmosfäriska förhållanden.

Lavar kan växa på ovanliga ytor som sand, stenar, jord, djurben och rostig metall. Lavar växer i en mängd färger som röd, orange, gul, grön och brun. Mer än ett dussin svamparter kan växa på en stenblock.

Cirka 15 000 lavarter är kända. Vissa lavar, som skorpeflisar (en skorpliknande svamp) kan leva i hundratals eller tusentals år på grund av en långsam tillväxttakt. Krustosfarkar kan utvecklas på stenar. Vissa lavar är hotade eftersom förorenad luft och regnvatten kan förstöra algceller och döda svamppartnern.
Mycorrhizae

Mycorrhizae är svampväxtsystem som utvecklar ett symbiotiskt förhållande till växtrötterna. Rötterna ger nödvändiga näringsämnen och en plats för svamparna att fästa sina trådar. Svamparna skyddar växten från övergrepp som patogener, och deras trådar fungerar som ett rotsystem för att hjälpa växten att få ytterligare vatten och näringsämnen. När förhållandet har utvecklats kan en växt bero på Mycorrhizae när dess näringsämnen upphör.

Mycorrhizae är indelade i två typer - ectomycorrhizae och endomycorrhizae. Ectomycorrhizae producerar en täckning runt en växts rötter. Täckningen växer hyfer (trådliknande beståndsdelar i svampens kropp) till rötter, sedan in i jorden. Endomycorrhizae-trådar växer in i cellerna och sedan i jorden. Svampen förbättrar torkresistens, sjukdomsimmunitet och näringsämneupptag för värdväxten.
Svampar -

Podaxis, eller öken ragig man, hittas Sonoranöknen och andra öknar runt om i världen. Podaxis är släkt med svampfamiljen Agaricaceae. Svampen liknar en puffball; det är träartat och fibröst. Podaxis fruktkropp kommer från ökenjord, sandjord och vägar vid regnsäsonger. Men om det inte kommer regn kommer fruktkroppen inte att dyka upp. Pileus (cap) förblir stängd under utvecklingsprocessen för att skydda den fertila vävnaden, gälarna och dubbelväggiga sporer från att torka upp.
Coccidioides |

Släktet Coccidioides är en marksvamp som består av två arter - Coccidioides immitis och Coccidioides posadasii. Båda arterna finns i ökenjordarna i Nord- och Sydamerika. Varje art skapar hyfer och sporer i jorden. När jorden som innehåller sporerna störs av människor eller naturliga attacker som dammstormar, blir sporerna luftburna. Inandning av sporer kan orsaka en icke-smittsam svampinfektion som kallas Coccidiodomycosis eller dalfeber. I sällsynta fall, om otaliga sporer från endera arten inhaleras, kan det vara dödligt.