En ledande kandidat för magnetarernas ursprung har involverat närvaron av ett mycket starkt magnetfält i en snabbt roterande neutronstjärna. Magnetbildning och magnetfält har traditionellt tillskrivits effekterna av differentialrotationen i den nyfödda neutronstjärnan. Nya 3D-magnetohydrodynamiska simuleringar av differentiellt roterande neutronstjärnor har dock i allmänhet lett till bildandet av en magnetisk dipol, i motsats till den observerade fältgeometrin hos magnetarer. Dessa fynd pekar på nödvändigheten av att se över standardmekanismerna för generering av magnetfält i dessa källor och har lett till övervägande av olika scenarier för bildandet av magnetarer.

Ett mycket starkt frömagnetfält (i storleksordningen \( 10^{15} \) G) krävs för att magnetfältets förstärkningsmekanism genom differentiell rotation ska fungera. Olika källor till ett sådant fröfält har föreslagits, t.ex. fält skapade av dynamoprocesser under utvecklingen av progenitorstjärnan, eller fält som förstärks under kärnkollapshändelsen som leder till bildandet av neutronstjärnan. I båda fallen måste det initiala magnetfältet vara axisymmetriskt och tillräckligt starkt för att undvika ohmsk förlust av magnetfältet genom de turbulenta vätskerörelserna som utvecklas under neutronstjärnans utveckling. Det har föreslagits att konvektion som inträffar i de yttre skikten av den nyfödda magnetaren kan bidra till inneslutningen och förstärkningen av detta fält.

En intressant möjlighet är att det magnetiska fröfältet är ett resultat av det magnetiska flödet som avanceras inåt av den ackreterande gasen under supernovans fallback. Den magnetohydrodynamiska interaktionen mellan denna infallande materia och neutronstjärnans magnetfält kan förklara flera nyckelegenskaper som observerats i magnetarer. I synnerhet har det föreslagits att det skulle kunna ge upphov till en toroidal komponent av magnetfältet, det observerade fältets multipolaritet, och möjligen också förklara ursprunget till magnetarerna med ultralång period.