Fysiska modeller kan vara svåra att skapa, speciellt för komplexa system. De kan också vara dyra och tidskrävande att bygga och underhålla. Fysiska modeller kanske inte heller kan representera alla aspekter av ett system korrekt, eftersom vissa element kan vara för små eller komplexa för att modellera korrekt. Dessutom kan fysiska modeller vara svåra att ändra eller uppdatera, eftersom de ofta är fixerade på plats och inte enkelt kan modifieras. Detta kan göra det svårt att hänga med i förändringar i systemet som modelleras. Dessutom kan fysiska modeller vara svåra att transportera och lagra, eftersom de kan vara skrymmande och tunga.