Ja, "solnedgångens sista fläckar hade smält bort" är en metafor. Metaforer är talfigurer som jämför två olika saker utan att använda orden "som" eller "som". I det här fallet jämför metaforen de sista solljusstrålarna som försvinner på himlen med fläckar som smälter bort. Denna jämförelse tyder på att solnedgången bleknar och försvinner, precis som fläckar gradvis kan blekna och försvinna från en yta med tiden.