Basen på en tsunamivåg kan förändra topografin av havsbotten. Det eroderar havsgolvsediment och kan förstöra botten - havsbotten - ekosystem på havsbotten. Dessa är vanligtvis ryggradslösa djur som kräftdjur, maskar och sniglar som gräver genom sediment på havsbotten och blandar dem. Ibland kan stora bitar av havsbotten rippas upp. Tohoku, Japan, jordbävning tsunami i mars 2011 deponerade de eroderade sedimenten på andra platser som enorma havsbotten sanddyner.
Coral Reefs

Korallrev är naturliga vågbrytare för en tsunamivåga när det rör sig mot kusten. I december 2004 förstörde tsunami i Indonesien med jordbävning korallrev runt kusten i Indiska oceanen. Senare undersökningar visade att reven redan dör på grund av att fiskare exploderade dynamit eller hällde cyanidföreningar i havet för att fånga fisk. Fyra år efter tsunamin förnyades de friska korallerna.
Intertidal Miljöer <<> Sjögräsbäddar, mangroveskogar, våtmarker vid kusten och deras tillhörande fisk- och djurliv i mellantidssonen är särskilt utsatta för tsunamier. Detta är den del av en kust som exponeras för luften vid lågvatten och är nedsänkt vid högvatten. Före tsunamin 2011 hade undervattens havsgräs längs norra Japans Sendai-kust ökat till höjden av en tvåvåningshus. Masahiro Nakaoka, en marinekolog vid Hokkaido University observerade nya havsgrässkott växer två år efter tsunamin och uppskattade att de behövde ett decennium för att återuppliva. Emellertid kan byggandet av nya sjöväggar och vågbrytare som konstgjorda tsunamihinder hindra denna väckelse. Barriärerna skulle avskära vatten näringsrika vattendrag som rinner från bergen på land och i havet.
Art Invasion -

Tsunamis kan bära enorma mängder skräp från en sida av havet till en annan. Ett betongblock från Misawa, Japan tog 15 månader att korsa Stilla havet och krascha till Oregon-kusten. Alger och andra organismer bundna till detta skräp överlevde havskorsningen. Dessa kan etablera nya samhällen i Oregon och potentiellt förskjuta inhemska arter.