Men för cirka 2,6 miljoner år sedan försvann Megalodon på ett mystiskt sätt från fossilregistret. Orsakerna till dess utrotning är inte helt klarlagda, men flera faktorer kan ha bidragit, inklusive förändringar i klimatet, konkurrens från andra rovdjur och en nedgång i dess mattillgång.
En ny upptäckt som har belyst de möjliga orsakerna till Megalodons utrotning är fyndet av fossiliserade Megalodontänder med ovanligt höga halter av kvicksilver. Detta tyder på att Megalodon kan ha förgiftats av kvicksilver från vulkanisk aktivitet eller andra källor.
Dessutom kan stigande havstemperaturer under sen Pliocen och tidiga Pleistocene epoker ha bidragit till Megalodons undergång. När haven värmdes upp kan Megalodons föredragna bytesarter ha flyttat till kallare vatten, vilket tvingar Megalodon att anpassa sig eller hitta nya födokällor.
Nedgången av Megalodon kan också ha haft en kaskadeffekt på andra hajpopulationer. Med försvinnandet av detta topprovdjur kan andra hajarter ha mött mindre konkurrens och upplevt en populationsexplosion. Detta kunde ha lett till ökad predation på marina däggdjur och andra bytesarter, vilket potentiellt skulle kunna störa marina ekosystem.
Utrotningen av Megalodon tjänar som en påminnelse om att även de mest kraftfulla och framgångsrika rovdjuren kan vara sårbara för förändringar i sin miljö. Den belyser också de marina ekosystemens sammanlänkning och potentialen för topprovdjur att spela en avgörande roll för att upprätthålla ekologisk balans.