I stället för en enda höjd är jonosfären ofta uppdelad i olika lager, var och en med ett varierande höjdområde:
* D -lager: 55-90 km (34-56 miles)
* e lager: 90-150 km (56-93 miles)
* f lager: 150-1000 km (93-621 miles)
F -skiktet är vidare uppdelat i F1- och F2 -skikt, varvid F2 -skiktet är det högsta.
Viktig anmärkning: Gränserna och höjderna i dessa lager varierar med faktorer som tid på dagen, säsongen och solaktiviteten.