Även om det är sant att Jupiters enorma tyngdkraft kan påverka komets banor, och att kometen Shoemaker-Levy 9 berömt kolliderade med Jupiter 1994, passerade Hale-Bopp relativt långt från planeten. Det kom inom 1,3 astronomiska enheter (AU) från Jupiter 1997, vilket är ungefär avståndet mellan solen och Mars. Detta avstånd betraktas för långt för att Jupiters tyngdkraft betydligt förändrar kometens väg eller orsakar en kollision.

Hale-Bopps nära möte med Jupiter orsakade vissa förändringar i sin bana, men den fortsatte på sin väg runt solen och är fortfarande ute i det yttre solsystemet.