Metoderna för uppräkning i mikrober kan delas in i fyra kategorier. Direkta metoder involverar räkning av mikroberna, medan indirekta metoder involverar uppskattning. Livskraftiga metoder räknar endast celler som är metaboliskt aktiva, medan totalt antal inkluderar döda och inaktiva celler.

Direkt /livskraftig

En direkt /genomförbar metod innebär en standardplattaantal, där upprepade utspädningar av ett urval räknas för att beräkna räkningen i det ursprungliga provet.

Indirekt /livskraftig

Indirekta /genomförbara metoder som MPN (mest sannolika tal) innebär att man gör en statistisk inferens om mikroberantalbasen på mönster av tillväxt.

Direkt /Total

Mikroberna räknas med hjälp av fluorescerande fläckar och färgämnen, vilket gör mikroberna synliga med hjälp av ett fluorescerande mikroskop. Indirekt /Total

Spektroskopi är en form av indirekt /totalräkning, vilket innebär att man bestämmer mängden mikrober baserat på mängden ljus som passerat genom kulturen med en spektrofotometer.