Western blot, en analysteknik som används för att bestämma ett specifikt protein i ett givet prov, utnyttjar förmågan hos ett enzym eller fluorescensmärkta primära antikroppar att binda till dess specifika antigen. Det är en trestegs process som börjar med gelelektrofores, följt av membranblottning och sonderande med antikroppar. Proteindetektion kan vara direkt eller indirekt, varvid sistnämnda använder en märkt sekundär antikropp riktad mot primärt. Även om den accepteras som en rutinmässig proteinanalyssteknik, har western blot begränsningar och fördelar.

Fördel: Känslighet

En av de största argumenten för western blot är dess känslighet. På grund av dess förmåga att detektera så lite som 0,1 nanogram protein i ett prov kan tekniken teoretiskt tjäna som ett effektivt tidigt diagnostiskt verktyg, vilket även känner av det minsta immunogena svaret från ett virus eller bakterier i ett patientprov. En indirekt western blot bygger vidare på denna känslighet från den sekundära antikroppens förmåga att förstärka intensiteten hos signalen detekterad av bildningssystemet. Ökad känslighet innebär att färre antikroppar behövs för testning, vilket minskar laboratoriekostnaderna avsevärt.

Fördel: Specificitet

Western blot-tekniken har sin specificitet för två stora bidragande faktorer. Först sorterar gelelektrofores ett prov till proteiner av olika storlek, laddning och konformation. Denna process i sig är ett stort steg mot detektion, eftersom band som bildas i gelén redan ger ledtrådar om storleken av proteinet eller polypeptiden av intresse. Specificiteten hos antikropp-antigen-interaktionen tjänar som den andra stora faktorn. Eftersom specifika antikroppar visar affinitet för specifika proteiner, kan processen selektivt detektera ett målprotein även i en blandning av 300.000 olika proteiner.

Nackdel: Utsatt för falska eller subjektiva resultat

Trots dess känslighet och specificitet kan en western blot fortfarande ge felaktiga resultat. Ett falskt positivt resultat när en antikropp reagerar med ett icke-avsedd protein, vilket är vad som ofta händer när en patient som testas för HIV råkar ha tuberkulos eller ett antal parasitiska infektioner. En falsk-negativ, å andra sidan, kan lätt resultera om större proteiner inte ges tillräcklig tid för att överföra korrekt till membranet. Felaktig blotting och bearbetning producerar ofta skevade, blekade eller till och med flera band, vilket gör testresultat föremål för teknikerens tolkning.

Nackdel: Hög kostnad och teknisk efterfrågan

Kostnaden för en västerländsk blot är en sammansättning av de stora enskilda utgifterna för märkta antikroppar, skickliga analytiker och laboratorieutrustning. En ömtålig process, western blotting kräver precision i varje steg för korrekt identifiering av ett provets beståndsdelar. Ett mindre fel i reagenskoncentration eller inkubationsperiod kan vara katastrofal för hela processen. Slutligen kan den utrustning som krävs för detektering och bildbehandling - kemiluminescerande, fluorescerande, radioaktiva eller laserdeteksystem - vara för dyrt för den genomsnittliga mikrobiologienheten.