Gelelektrofores är en teknik där biologiska molekyler separeras från varandra och identifieras i biologisk forskning eller medicinsk diagnostik. Sedan deras utveckling på 1970-talet har dessa tekniker varit ovärderliga för att identifiera gener (DNA) och genprodukter (RNA och protein) av forskningsintresse. På senare år har nyare tekniker framkommit som ger större specificitet och detaljer om vad som händer i levande system. Även om dessa inte har ersatt elektrofores-tekniker och avancerade manipulationer kan utöka teknikens livskraft är det viktigt att inse vad gelelektrofores kan och inte kan göra.
Elektrofores har begränsad provanalys.

Elektrofores är specifik för "whatever tissue you've sampled.", 3, [[Om du till exempel kör en Southern blot (en typ av elektrofores) på en kindpinne, tittar du på gener från kindens epitelceller och ingen annanstans i kroppen. Ibland kan detta vara fördelaktigt, men forskare är ofta intresserade av mer utbredda effekter.

Tekniker som till exempel hybridisering in situ (ISH) kan ta en sektion av vävnad och analysera genuttryck vid varje litet område i det provet . Således kan forskare titta på varje hjärnområde i ett prov med ISH, medan elektrofores tekniker bara kan titta på några få områden åt gången.
Elektroforesmätningar är inte exakta.

Gelelektrofores kan effektivt separera liknande proteiner med olika vikter (detta är en teknik som kallas Western blotting). Det kan separera dem mer exakt genom en teknik som kallas 2d elektrofores; detta är vanligt inom proteomik.

Tyvärr är alla mätningar gjorda av denna teknik i bästa fall semi-kvantitativa. För att erhålla den exakta massan (vikt) av proteiner måste massspektroskopi användas efter att proteinet har renats genom elektrofores. Jämförelse av de relativa mängderna av olika molekyler beror dessutom på banddensiteten (mörkret) hos olika fläckar på gelén. Denna metod har viss grad av fel, och prover körs vanligtvis flera gånger för att få rena resultat.
Betydande startprov krävs

Elektrofores är en teknik för att isolera och visuellt identifiera olika biomolekyler. Detta görs genom att leda en elektrisk ström genom gelén för att separera laddade molekyler med olika vikter. Om molekylen du är intresserad av inte är tillräckligt vanlig, kommer bandet att vara praktiskt taget osynligt och svårt att mäta.

DNA och RNA kan förstärkas något innan elektrofores körs, men det är inte praktiskt att göra detta med proteiner. Därför behövs ett stort vävnadsprov för att utföra dessa analyser. Detta kan begränsa användbarheten av tekniken, särskilt i medicinsk analys. Det är praktiskt taget omöjligt att köra elektrofores på prover från en enda cell; flödescytometri och immunohistokemi används oftare för att utvärdera cell-för-cell-expression av proteiner. En teknik som kallas PCR är utmärkt för att exakt mäta små mängder RNA.
Endast vissa molekyler kan visualiseras.

Elektrofores är utmärkt när det gäller att separera och identifiera medelstora till stora biomolekyler. Många av molekylerna som forskarna vill titta på är dock mindre; små hormoner, neurotransmittorer och joner kan inte mätas genom elektrofores. Detta är av två skäl: de reagerar inte ordentligt med elektroforespreparatet (vanligtvis en teknik som kallas SDS PAGE), och även om de gjorde det, är de för små för att separera ordentligt och skulle rusa ut från gelens botten. Dessa molekyler mäts istället med tekniker som RIAA: er (radioimmunanalyser) och ELISA: er (enzymbunden immunosorbantanalys). data särskilt snabbt. Kontrastelektrofores, där du kan titta på en liten handfull RNA-molekyler i taget, med PCR (polymeraskedjereaktion), som samtidigt kan utvärdera tusentals prover. På liknande sätt kan flödescytometri ta mätningar från tusentals enskilda celler och göra komplexa korrelationer, medan elektrofores tittar på celler i massa och inte kan göra så fina diskriminationer. PCR och flödescytometri representerar massivt parallella respektive seriella processer, och båda överträffar långt elektrofores förmåga att generera forskningsdata.