De största skillnaderna mellan män och kvinnor är X- och Y-kromosomerna. Bland människor gör två X-kromosomer en kvinna, och en X- och Y-kromosom gör en man. Det finns emellertid andra differentierande funktioner mellan dessa kromosomer. Vissa skillnader inkluderar storlek, antal gener och till och med onormala kromosomkopplingar. I vissa arter har djur ett annat könbestämmande system, eftersom de använder en Z- och en W-kromosom.
Arbetande gener

Medan den manliga Y-kromosomen och den kvinnliga X-kromosomen skiljer sig åt i storlek, varierar de också i antalet arbetsgener på kromosomen. X-kromosomen innehåller mer än 1 000 arbetsgener, och Y-kromosomen har mindre än 100 arbetsgener. Även om män har en X-kromosom, uppför den sig mycket annorlunda när det finns en annan X-kromosom närvarande jämfört med dess beteende när en Y-kromosom är närvarande. Av de arbetande generna på X-kromosomen är 200 till 300 unika för kön, så endast 700 till 800 av de arbetande generna är delade och aktiva både hos män och kvinnor.
Storlek

Den faktiska storleken på kromosomerna skiljer sig mellan män och kvinnor. Flera kromosompar hos män visade sig vara större än hos kvinnor när fårkromosomer undersöktes. Skillnaderna i kromosomstorlekar kan vara nyckeln till att förklara vissa skillnader mellan könen som inte förklaras av X- eller Y-kromosomen.
Temperatur

Vissa arter, såsom ödlor, fåglar, fåglar och flatmaskar, har olika könsbestämningsgener än X och Y. Dessa gener är Z och W. ZZ-genotypen producerar män, och ZW producerar kvinnor. Könsbestämning i vissa av dessa arter styrs av temperaturen. Höga temperaturer har varit kända dikterar djurets kön. Till exempel främjar höga inkubationstemperaturer för alligatorägg manliga, ZZ-genotyper. Men i många ödlor och sköldpaddor är höga inkubationstemperaturer gynna kvinnan, ZW, genotyp.
Sexabnormaliteter.

Det finns flera syndrom som skapar könsavvikelser. Kvinnor med bara en X-kromosom har Turnersyndrom, och om flickan överlever födelsen kommer hon att uppleva onormal tillväxt och vara mycket liten, med extra hudveck på halsen. Triple X-syndrom förekommer hos kvinnor med en ytterligare X-kromosom. Dessa är kända som super hunner och tenderar att likna kvinnor med två X-kromosomer. Män som är födda med två X-kromosomer och en Y-kromosom har Klinefelter-syndrom. Dessa män tenderar att vara väldigt feminina och kan till och med ha höga röster. XYY-syndrom uppstår när män har en extra Y-kromosom. Dessa är kända som supermän och tenderar att producera mycket mer testosteron än vanliga män