Tris, eller tris (hydroximetyl) aminometan, är en vanlig biologisk buffert, som används under hela DNA-extraktionsprocessen. Under extraktion från valfritt antal källor är DNA pH-känsligt. Under celllys, avlägsnande av oönskade cellkomponenter och utfällning används tris för att upprätthålla ett stabilt pH. Dessutom spelar det en särskilt viktig roll i celllys.
TL; DR (för lång; har inte läst)
DNA-extraktion är en pH-känslig process och använder en trisbuffert hjälper till att hålla pH-värdet stabilt över celllys och extraktion.
Tris som buffert.
Eftersom pH kan påverka och påverkas av ett antal cellulära faktorer är upprätthållandet av ett stabilt pH viktigt för experimentell vetenskap. Biologiska buffertar, som tris, är viktiga eftersom de kan upprätthålla ett stabilt pH trots påverkan som annars kan förändra pH. Tris (hydroximetyl) aminometan, med en pKa av 8,1, är en effektiv buffert mellan pH 7 och 9. På grund av dess neutrala intervall är tris en vanligtvis buffert i biologiska laboratorier. Tris-bufferten är emellertid temperaturkänslig och bör användas vid den temperatur vid vilken den ursprungligen pH-värdes för att undvika felaktighet.
Lys av celler -
Lys, eller bryta cellerna, är det första steget av DNA extraktion. Detta åstadkoms med en buffert som innehåller tris och EDTA (etylendiamintetraättiksyra). EDTA binder tvåvärda katjoner som kalcium och magnesium. Eftersom dessa joner hjälper till att upprätthålla cellmembranets integritet, eliminering av dem med EDTA destabiliserar membranet. Tris är den viktigaste buffertkomponenten; dess huvudroll är att hålla buffertens pH-värde vid en stabil punkt, vanligtvis 8,0. Dessutom samverkar tris troligtvis med LPS (lipopolysackarid) i membranet, vilket tjänar till att destabilisera membranet ytterligare. Tris skyddar DNA från pH-förändringar. in i bufferten. Dessutom inkluderas RNase A (förstör RNA), proteaser (förstör proteiner) och SDS (natriumdodecylsulfat, solubiliserar membranfragmenten) inkluderas ofta. Sammantaget kan denna soppa med cellinnehåll och fragmenterat RNA och proteiner ha en stor inverkan på lösningens pH. Eftersom DNA är pH-känsligt är det viktigt för tris att buffra soppan och upprätthålla pH-värdet på en stadig punkt.
DNA-utfällning
I det sista steget av DNA-extraktion extraheras DNA-själva från lösning. Vid denna tidpunkt är DNA lösligt i bufferten. För att extrahera från lösningen görs DNA olösligt genom tillsats av etanol eller isopropanol (isopropylalkohol). När detta är gjort, blir DNA uppenbart i lösning som ett vitt ämne. Även om DNA kan isoleras från de återstående cellulära komponenterna på detta sätt är det inte "användbart" när det är olösligt. Efter isolering avlägsnas alkoholen och DNA måste återföras till en biologisk buffert, som tris, för att användas.
Do It Yourself -
Även om extraktion av DNA vanligtvis görs i forskningslabor som vanligtvis använder en av ett antal kommersiellt tillgängliga kit, vem som helst kan göra DNA-extraktion hemma med vanliga hushållsartiklar och gröna ärtor eller spenat. I detta fall är tris eller någon biologisk buffert inte närvarande för att skydda DNA från pH-förskjutningar. Det är emellertid ett visuellt sätt att hjälpa elever att få kontakt med cellulärt DNA.
