När kromosomerna omarrangeras kan den normala ordningen och avståndet mellan gener störas. Detta kan påverka genuttryck, vilket är den process genom vilken gener omvandlas till proteiner. Genuttryck kan ökas, minskas eller till och med stängas av om kromosomerna omarrangeras.
Störningen av genuttrycket kan ha ett brett spektrum av effekter på organismen. Till exempel kan en omstrukturering som påverkar en gen som är nödvändig för utvecklingen leda till fosterskador eller till och med dödsfall. En omstrukturering som påverkar en gen som är viktig för immunfunktionen kan göra organismen mer mottaglig för sjukdomar.
Sammantaget kan omarrangering av kromosomer avsevärt påverka organismens funktion och kan få allvarliga konsekvenser.