Här är varför:
* Traditionell klassificering: Innan förståelsen av prokaryotdiversitet var de två huvudkategorierna växter och djur . Detta system, baserat på synliga egenskaper, redogjorde inte för mikroorganismer.
* Fem-Kingdom System: Fem-kingdom-systemet (Monera, Protista, Fungi, Plantae, Animia) föreslogs av Robert Whittaker 1969. Det erkände prokaryoter som ett separat kungarike, Monera . Men det fångade fortfarande inte helt den enorma mångfalden inom prokaryoter.
* tresomänssystem: Carl Woese, baserat på ribosomal RNA-analys, föreslog tre-domän-systemet 1977. Detta system erkände att prokaryoter är så grundläggande olika från eukaryoter att de skulle delas upp i två distinkta domäner: bakterier och archaea . Eukaryoter bildar den tredje domänen, eukarya .
Utvecklingen av domännivån möjliggjorde en mer exakt representation av de evolutionära förhållandena mellan alla livsformer. Detta klassificeringsschema erkänner den stora mångfalden inom prokaryoter och erkänner deras unika evolutionära historia.