Proteiner fungerar inte isolerat, och deras interaktioner med andra proteiner definierar deras cellulära funktioner. Därför, detaljerad förståelse av protein-protein-interaktioner (PPI) är nyckeln för att dechiffrera reglering av cellulära nätverk och vägar. Dessa komplexa nätverk av stabila och övergående föreningar kan studeras genom affinitetsreningsmasspektrometri (AP-MS) och kompletterande närhetsbaserade märkningsmetoder som BioID.

I en studie publicerad i Naturkommunikation , en forskargrupp ledd av Dr. Markku Varjosalo vid Helsingfors universitet utvecklade en optimerad och integrerad metod som kombinerar AP-MS och BioID i ett enda arbetsflöde. Förutom att utnyttja fördelarna med båda strategierna, författarna visar att deras tillvägagångssätt möjliggör identifiering och kvantifiering av protein-protein-interaktioner och proteinkomplexa stökiometrier, identifiering av övergående eller närliggande interaktioner med BioID, visualisering av betesproteinet och de proximala interaktorerna med immunfluorescensmikroskopi, och definiera det molekylära sammanhanget med MS -mikroskopi med användning av referensdatauppsättningen erhållen genom att identifiera proximala interaktorer för bona fide subcellulära lokaliseringsmarkörer.

Författarna visar att MS-mikroskopi gör det möjligt att tilldela det studerade proteinet sin korrekta cellulära eller till och med subcellulära plats i ännu högre upplösning än med konfokalmikroskopi. "Denna studie är ett kontinuum av våra rigorösa ansträngningar för att utveckla nya systembiologiska verktyg för att studera de molekylära interaktioner som bildas av proteiner. Vi har tidigare bevisat att AP-MS är en mycket reproducerbar metod, som också är lämplig för storskaliga och interlaboratoriska studier ", Dr Varjosalo säger. "Vårt nyutvecklade integrerade arbetsflöde och referensmolekylära kontextproteomkartan, tillåter ett enkelt sätt att undersöka molekylär lokalisering av (m) valfritt protein. Den utvecklade MAC-taggen och det integrerade tillvägagångssättet bör ge, inte bara interaktionsproteomikgemenskapen, men också cell, molekylär- och strukturbiologer, med ett experimentellt bevisat integrerat arbetsflöde för att i detalj kartlägga de fysiska och funktionella interaktionerna och det molekylära sammanhanget för proteiner i mänskliga celler."