Gelelektrofores är ett sätt att skilja DNA-fragment i enlighet med deras storlek. Du lägger till spårfärg för varje DNA-prov för att hjälpa dig att se provet och spåra DNA-fragmentets framsteg genom gelén.

Betydelse

Att separera fragment av DNA, i syfte att mäter deras storlek eller isolerar ett visst fragment, lägger forskare DNA i en agarosgel nedströms i en lösning som laddas med en elektrisk ström. Strömmen pressar DNA-fragmenten genom gelén, och eftersom gelén är porös, snabbare DNA-fragment snabbar sig igenom snabbare. De reser längre än större fragment på samma tid.

Syfte

DNA är färglöst när det är i lösning i ett provrör. För att göra provet lättare att se, både i provröret och i gelén, lägger du till en färgad spårfärg till provet. Färgen påverkar inte alls DNA.

Spårning

Den vanliga spårfärgen är bromfenolblå i en 50-procentig glycerollösning. Bromfenolblå färgar provet ljusblått så att det är lätt att spåra dess framsteg genom gelén. När spårfärgen har rest omkring 3/4 av gelens längd är det dags att stänga av den elektriska strömmen.

Densitet

Spårfärgen är tät på grund av sin höga koncentration av glycerol. Det gör att DNA-proverna sjunker i gelens laddningsluckor, snarare än att flyta bort i lösningen ovanför gelén som bär den elektriska strömmen.

Färgmigration

Bromfenolblått migrerar genom en agaros lösning med ungefär samma hastighet som en DNA-sträng innehållande 300 baspar. Om du vill spåra framstegen med större DNA-strängar kan du använda en spårfärg med xylencyanol, som migrerar ungefär samma hastighet som en DNA-sträng med 4 000 baspar.