Under tunnskiktskromatografi placerar en tekniker fläckar av en kemisk blandning på en platt platta belagd med ett lager av absorberande material och sätter sedan den nedre delen av plattan i lösningsmedel. När lösningsmedel rör sig upp på plattan, rör sig kemikalierna i blandningen med det i olika takt, så de skiljer sig åt. Detta test kan avgöra vilka kemikalier som finns i en blandning genom att jämföra resehastigheterna hos okända till kända standarder. Resultaten kan emellertid påverkas av många faktorer.
Retentionsfaktorer
Retentionfaktorn för en kemikalie under tunnskiktskromatografi är ett mått på hur långt det rör sig uppåt på plattan som svar på lösningsmedelsrörelsen. Eftersom kemikaliens absoluta rörelse beror på hur långt lösningsmedlet fick resa, beräknas retentionsfaktorvärden i förhållande till graden av lösningsmedelsrörelse. Retentionfaktorn för en kemikalie är det vertikala avståndet som kemikalien flyttar från den plats där den ursprungligen applicerades på plattan, dividerad med det avstånd som reste av lösningsmedlet - uppmätt från samma utgångspunkt.
Tunt lager Kromatografisk platta
Själva tunnskiktskromatografipanelen kan påverka retentionfaktorvärdet som erhållits för en given kemikalie. Tunna skiktskromatografiska plattor kan beläggas med en mängd absorberande fastämnen; oftast kiseldioxid eller aluminiumoxid. Eftersom retentionsfaktorn är baserad på den relativa affiniteten hos kemikalien för absorbenten jämfört med lösningsmedlet, kan förändring av absorbenten väsentligt förändra retentionsfaktorn. Också kan tjockleken och likformigheten hos absorberingsskiktet variera från platta till platta, speciellt om de är handgjorda, vilket ibland är fallet. Dessa två faktorer kan också ändra retentionfaktorvärdet för kemikalier.
Lösningsmedel
Eftersom lösningsmedlet bär kemikalien upp på plattan, kommer det använda lösningsmedlet också att ha en betydande inverkan på retentionsfaktorn värde för kemikalien. Ett lösningsmedel som har en starkare interaktion för en viss kemikalie kommer lättare att övervinna kemikaliens affinitet för det absorberande skiktet och flytta den kemiska längre under en viss tidsperiod. Blandningar av lösningsmedel kan också ha olika effekter beroende på andelen av varje lösningsmedel.
Andra faktorer
Det finns några andra faktorer som i vissa fall kan påverka retentionsfaktorn. Temperaturen för lösningsmedlet och plattan kan göra små förändringar, eftersom lösningsmedlet exempelvis ofta kan lösa upp de kemikalier som transporteras vid högre temperaturer. Teknikens teknik vid applicering av provet på plattan kan också ändra retentionsfaktorn. En potentiell effekt är att applicering av för mycket prov kommer att resultera i stora, diffusa kemikalier som rör sig upp på plattan, vilket gör det svårt att noggrant mäta avståndet som kemikalien har transporterats.