Protoner finns inuti kärnan i en atom, som är den centrala och mest massiva delen av atomen. Kärnan innehåller protoner och neutroner, som tillsammans kallas nukleoner. Protoner har en positiv elektrisk laddning, medan neutroner är elektriskt neutrala. Antalet protoner i kärnan bestämmer ett grundämnes atomnummer och är det som skiljer ett grundämne från ett annat. Till exempel är alla atomer med en proton väteatomer, de med två protoner är heliumatomer och så vidare.