1. Protonering av 2'-hydroxylgruppen: I sura lösningar protoneras 2'-hydroxylgruppen i ribossockret i RNA och bildar en positivt laddad 2'-oxoniumjon.
2. Nukleofil attack av vatten: Den protonerade 2'-oxoniumjonen gör RNA-ryggraden mottaglig för nukleofila attacker av vattenmolekyler. Det ensamma elektronparet på vattnets syreatom angriper fosforatomen i fosfodiesterbindningen.
3. Bildning av en cyklisk mellanprodukt: Den nukleofila attacken av vatten resulterar i bildningen av en cyklisk mellanprodukt känd som ett 2',3'-cykliskt fosfat. Denna cykliska struktur är relativt stabil på grund av närvaron av positiv laddning på fosforatomen och den negativa laddningen på syreatomen.
4. Hydrolys av den cykliska mellanprodukten: Den cykliska mellanprodukten hydrolyseras sedan av vattenmolekyler, vilket resulterar i att fosfodiesterbindningen bryts. Detta leder till frisättning av en 3'-hydroxylgrupp på en nukleotid och en 5'-fosfatgrupp på den intilliggande nukleotiden.
Den övergripande effekten av sur hydrolys på RNA är klyvningen av fosfodiesterbindningarna mellan nukleotider, vilket leder till fragmentering av RNA-molekylen i mindre bitar. Denna process kan påskyndas under hårda sura förhållanden, såsom höga koncentrationer av syra eller förhöjda temperaturer.
Däremot är DNA mer resistent mot sur hydrolys eftersom det saknar 2'-hydroxylgruppen i sin sockerryggrad. Istället har DNA ett 2'-deoxiribossocker, som saknar hydroxylgruppen och därför inte genomgår samma syrakatalyserade hydrolys. Denna skillnad i känslighet för syrahydrolys är en av de faktorer som bidrar till den större stabiliteten hos DNA jämfört med RNA i biologiska system.
