De kallas organiska molekyler eftersom de innehåller kolatomer. Kol är ett unikt element som kan bilda en mängd olika bindningar med andra atomer, vilket möjliggör skapandet av komplexa och olika molekyler.
Däremot innehåller oorganiska molekyler inga kolatomer och är i allmänhet enklare i strukturen. Därför är närvaron av kolatomer en avgörande egenskap hos organiska molekyler och det är därför livets molekyler ofta kallas organiska molekyler.