En ruteniumatom (Ru) innehåller 44 protoner och 44 elektroner. Antalet protoner i en atoms kärna bestämmer dess atomnummer och identifierar grundämnet. Rutenium har ett atomnummer på 44, vilket betyder att varje ruteniumatom innehåller 44 positivt laddade protoner. För att upprätthålla elektrisk neutralitet måste en atom ha lika många positivt laddade protoner som negativt laddade elektroner. Därför innehåller en ruteniumatom också 44 negativt laddade elektroner.