Ciprofloxacin är ett dåligt vattenlösligt läkemedel. Det är praktiskt taget olösligt i vatten, svårlösligt i metanol och etanol och mycket svagt lösligt i metylenklorid. Dess löslighet är starkt beroende av lösningens pH, med en maximal löslighet vid pH 4-6. Detta beror på att ciprofloxacin är en zwitterjon, vilket betyder att det innehåller både en positiv och en negativ laddning. Vid lågt pH protoneras den positiva laddningen av amingruppen, vilket gör molekylen mer löslig i vatten.

HCl används för att lösa upp ciprofloxacinpulver eftersom det sänker lösningens pH och därigenom ökar läkemedlets löslighet. HCl reagerar med vattnet och bildar hydroniumjoner (H3O+), som sedan protonerar amingruppen i ciprofloxacin. Detta resulterar i bildandet av ciprofloxacinhydroklorid, som är mer lösligt i vatten än den fria basformen av läkemedlet.

Mängden HCl som krävs för att lösa upp ciprofloxacinpulver kommer att bero på den önskade koncentrationen av läkemedelslösningen. Till exempel, för att bereda en 10 mg/ml lösning av ciprofloxacin, krävs cirka 1,5 ml 1 N HCl per gram ciprofloxacinpulver.