Den intermolekylära bindningen av metanol är vätebindning. Vätebindning är en dipol-dipol-interaktion som sker mellan en väteatom som är bunden till en mycket elektronegativ atom (som syre, kväve eller fluor) och en annan elektronegativ atom. När det gäller metanol är väteatomen i hydroxylgruppen bunden till den mycket elektronegativa syreatomen, vilket skapar en partiell positiv laddning på väteatomen. Denna partiella positiva laddning kan sedan interagera med den partiella negativa laddningen på en annan syreatom i en närliggande metanolmolekyl och bilda en vätebindning.