Vätejonpumpar använder ATP för att transportera vätejoner över ett membran, vilket skapar en protongradient som driver cellulära processer. Dessa pumpar innehåller en proteinkanal som underlättar förflyttning av vätejoner. Kanalen bildas av flera aminosyrarester som kantar det inre av proteinet och skapar en hydrofil miljö för passage av vätejoner. Dessa rester har funktionella grupper som kan interagera med vätejoner, vilket gör att de kan transporteras över membranet. Kanalens struktur säkerställer den specifika och effektiva transporten av vätejoner, vilket gör att pumpen kan bibehålla protongradienten och stödja cellulära funktioner.