Under elektrontransportkedjan passerar högenergielektroner längs en serie proteinkomplex, vilket frigör energi som används för att pumpa protoner över det inre mitokondriella membranet. Detta skapar en protongradient, som driver syntesen av adenosintrifosfat (ATP), den universella energivalutan för celler.
Elektrontransportkedjan är mycket effektiv för att generera ATP, och den kan producera upp till 34 molekyler ATP för varje glukosmolekyl som bryts ner under cellandning. Denna energirika ATP kan sedan användas av ekorrens muskler för att driva dess flykt, vilket ger den nödvändiga energin för snabba rörelser och snabba fart.