1. Utsläpp av växthusgaser: Även om de ofta befordras som "kolneutrala" eftersom växter absorberar koldioxid när de växer, är verkligheten mer komplex. Burning Biomass släpper CO2, och medan växten ursprungligen absorberade den är processen inte perfekt balanserad. Det finns andra utsläpp förknippade med biomassaproduktion och transport, inklusive metan från förfallande organiskt material och kväveoxid från gödselmedel.
2. Markanvändning och biologisk mångfald: Storskalig biomassaproduktion kan leda till avskogning och förlust av livsmiljöer, vilket påverkar biologisk mångfald. Det kan också konkurrera med livsmedelsproduktion för mark, vilket kan bidra till livsmedelssäkerhet. Dessutom kan monokulturmetoder som ofta är förknippade med biomassagrödor minska markhälsan och öka beroende av bekämpningsmedel.
Det är viktigt att notera att biomassaenergi kan vara en del av en hållbar energimix när den hanteras noggrant, men dessa nackdelar måste beaktas.