Filippinerna är ett land rik på biologisk mångfald och endemism, med många naturresurser som bidrar till ekonomin och de lokala samhällena. Dess shorelines och kustområden är av särskild betydelse, med fiske, jordbruk och industri som alla är beroende av landets vattenvägar och marina miljöer. Hot mot habitat och förlust av biologisk mångfald kommer från olika metoder, bland annat markröjning, ohållbart fiske och föroreningar.

Förlust av skogsskyddet

Mellan 2000 och 2005 förlorade Filippinerna drygt två procent av sin skogsskydd ett år. Det var den näst högsta siffran i Sydostasien. Från och med 2005 ansågs att bara tre procent av den primära skogen var kvar. Snabb avskogning leder till olika hot mot ekosystemet, inklusive förlust av biologisk mångfald, jorderosion, översvämning, jordskred och minskad vattenkvalitet. Skogar hotas av kommersiell gruvdrift och loggning.

Nedbrytning av korallrev

Filippinerna är ett globalt centrum för biologisk mångfald i marina stränder. Olaglig insamling och export av koraller och levande revfisk har resulterat i väsentliga skadliga effekter på biologisk mångfald, korallrevstillstånd, havsgrässkydd och fisknummer. Endast 5 procent av revet rymmer över 75 procent levande koralllock. Destruktiva fiskemetoder inkluderar överfiske, trålfiske, dynamitfiske och cyanidfiske, där cyanid löses i vatten och sprids i rev, medan andra hot kommer från förorening och erosion.

Hot mot mangrover

Hot mot mangrover innefattar överhämtning, föroreningar och markklarering för jordbruk och mänsklig bosättning. Räkodling resulterar i nästan oåterkalleliga och ekonomiskt kostsamma skador på området, vilket är ännu mer på grund av att räkodlingar blir olönsamma efter bara tre till fem år. Mangroveförstöring är också kopplad till korallrevnedbrytning, eftersom rev skyddar mangroverna mot starka vågor och strömmar som tvättar bort det fina sedimentet på vilket mangrover växer.

Förlust av biologisk mångfald
Filippinerna anses ett megabiodiverse land. Den har mycket unik flora och fauna; I själva verket är nästan hälften av dess terrestriska ryggradsdjur och upp till 60 procent av dess kärlväxter unika för landet. Graden av förlust av biologisk mångfald återspeglas i några chockerande fynd. Från och med 2006 bedömdes drygt 20 procent av ryggradsarter som hotade av Internationella unionen för naturskydd. Cirka 127 fågelarter betraktas som hotade och den infödda filippinska kakadua, som en gång utbredd, är nu hotad.